El contenido en metano puede ser reducido debido a la disminución de la actividad de las bacterias metanogénicas como resultado de la acumulación de ácidos por variaciones en la composición de la carga o la temperatura, o debido al envenenamiento por contaminantes tales como biocidas, fenoles o metales pesados. También se reduce la eficiencia por la disminución de la demanda química de oxígeno (DQO) de los residuos tratados. La DQO  es la cantidad total de oxígeno ( en mg) necesaria para oxidar completamente las substancias orgánicas e inorgánicas contenidas en un litro de suspensión. La estabilidad del pH es fundamental y puede ser controlada por adición de álcali así como por el control de la composición y la velocidad de la alimentación.

Tanto el azufre orgánico (presente en algunos aminoácidos) y el inorgánico (presente en el yeso o generado por la neutralización con ácido sulfúrico de residuos como las melazas tratadas con cal) puede ser reducido a H2S, un gas muy tóxico y altamente reactivo con los metales tales como el hierro y cobre originando la corrosión. Esta reactividad hace que su contenido sea muy bajo en el gas de los rellenos sanitarios. Por otra parte el amonio liberado, por ejemplo durante la desaminación de las proteínas, permanece en solución.

El cuadro sigueinte resume la composición promedio del biogas según la fuente. El valor calorífico varía entre 17 – 34 MJ/m^3 según el contenido de metano.

Los volúmenes de gas producido se suelen expresar como m^3 biogas / m^3 digestor o como m^3 biogas/kg DQO y difieren según el tipo de residuo, la concentración de sólidos volátiles (SV), la relación de carga, el tiempo de retención y el diseño del digestor. En general la producción oscila entre 1 – 5 m^3 biogas / m^3 digestor, o dicho de otra manera entre 0.3 – 0.5 m^3/ kg SV.

La condensación es con frecuencia un problema debido a que el digestor está generalmente más tibio que las cañerias por donde pasa. El agua también puede ser arrastrada como un aerosol en los sistemas agitados. En los pequeños sistemas es esencial una trampa de agua y puntos de drenaje de la misma. En los grandes sistemas puede ser necesario el enfriamiento para quitar el agua. El hidrógeno que suele hallarse en algunos rellenos sanitarios jóvenes, es un intermediario en el metabolismo anaeróbico. También algunas bacterias anaeróbicas pueden producir trazas de CO. La presencia de nitrógeno y/u oxígeno puede indicar una entrada accidental de aire y esto constituye un grave peligro debido al riesgo explosivos. En los rellenos el oxígeno del aire atrapado es consumido por los microorganismos facultativos dejando el nitrógeno residual.




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